Przechowywanie naczyń mszalnych to zagadnienie wymagające szczególnej uwagi. Naczynia mszalne stosowane w codziennej liturgii wymagają dbałości oraz higieny. Niedopuszczalne jest, aby po zakończonej mszy leżały postawione za oszkloną wystawą w zakrystii albo spoczywały na widoku głównej komody. Po zakończonej mszy należy je dokładnie umyć wodą z karafki, wytrzeć serwetami liturgicznymi, po czym schować do schowka zamykanego na klucz. Nikt, oprócz księży sprawujących posługę kapłańską nie jest upoważniony do swobodnego przemieszczania, 
wyjmowania ze schowka kielichów, paten oraz innych naczyń liturgicznych. Naczynia mszalne mogą znaleźć się w rekach ministrantów tylko przy przyzwoleniu księdza i w jego obecności. Dotyczy to przede wszystkim momentu przygotowania do mszy, gdy na bocznych ołtarzach stawiamy karafki, tacki, serwetki, itp. Kielich z hostią może znaleźć się w tabernakulum tylko wtedy, gdy zostanie tam umieszczone przez księdza odpowiedzialnego za przeprowadzaną mszę.
Naczynia mszalne przechowuje się zawsze pod dodatkowym zakryciem. Jako warstwa zakrywająca służy zazwyczaj białe, jasne płótno. Jeżeli ksiądz nie ma zbyt wielkiego zaufania do ministrantów, którzy mogą np. po kryjomu wyjadać hostię albo wypijać wino mszalne, może zdecydować się na zamontowanie w zakrystii specjalnej szafki z metalowymi drzwiczkami. Budową przypominać ona może nieco klasyczny sejf. Zamykana na kluczyk jest bardzo praktyczna w przechowywaniu kościelnych akcesoriów. Przechowywanie naczyń liturgicznych musi być dokonywane tak, aby ksiądz miał do nich swobodny dostęp w każdej sytuacji. Istnieją naczynia mszalne, które ze względu na zastosowanie mogą pozostać na wolnej przestrzeni, np. kadzielnice pozostawiające przyjemny zapach palonej żywicy. Muszą być jednak usytuowane w miarę dyskretnie.